В марте 2006 года суд разрешил акционерам подать иск по поводу использования нелегальных налоговых схем, однако отказался принять требования, касающиеся политической деятельности экс-главы компании Михаила Ходорковского. В среду американский суд отклонил и претензии акционеров по иску о налогах.
Заявители требовали придать статус группового иска искам отдельных инвесторов, которые приобрели ценные бумаги "ЮКОСа" период с 22 января 2003 года по 25 октября 2003 года – даты ареста Ходорковского.
Адвокаты истцов утверждали, что сведения об использованных "ЮКОСом" с 2000 года налоговых схемах и политической деятельности его главы должны были быть доведены до инвесторов, поскольку могли привести к карательным акциям со стороны российского правительства.
Многочисленные налоговые претензии предъявлялись "ЮКОСу" с конца 2003 года. 1 августа 2006 года Арбитражный суд Москвы признал "ЮКОС" банкротом, конкурсным управляющим был назначен Эдуард Ребгун. В тот же день Арбитраж признал обоснованными требования более 30 кредиторов на общую сумму 492 млрд рублей, в том числе задолженность перед ФНС в размере 353,7 млрд рублей, перед "Юганскнефтегазом" - 109 млрд рублей и "Роснефтью" - около 13 млрд рублей. Позднее Арбитражный апелляционный суд снизил сумму долга перед ФНС РФ до 311,7 млрд рублей, однако предписал компании удовлетворить требование "Роснефти" о возмещении упущенной выгоды на сумму 137 млрд рублей.
